hola, te comento:
-La única diferencia entre linea fase_fase y neutro_fase es que el neutro esta referenciado a tierra, si fuera ese el problema, no dejara arrancar el inversor.
-Poner un trafo para una potencia de 3000w, no serian 3000va. serian 3000w/0,85=3500va y ademas añadiría que estas poniendo el trafo al limite con toda la carga. Sin buena refrigeración acortarías su vida útil. Lo suyo seria 4 o 5kva para que camine desahogado (de cualquier manera el trafo no sera barato, aparte de las protecciones posteriores). Y eso no garantiza de quitar el error de f59.
-El hecho de que el error f59 salga cuando el reloj interno llega a a las 00:00 es el problema de configuración o falla en el inversor.
-El fallo de frecuencia sale por el valor zero export power, esta muy cerca del consumo minimo de la vivienda y se la pasa continuamente inyectando y dejando de inyectar, se puede seguir bajando o subiendo el valor que has puesto hasta que deje de salir el fallo, probar primero por debajo, 40, 20, bajar mas es posible que en algún momento si inyecte a red.
por otro lado te aconsejo seguir haciendo pruebas hasta descartar todo.
saca una foto de esto:

- Capturatensiones.JPG (20.41 KiB) Visto 3188 veces
y de esto:
En algún sitio provoca el fallo a esa hora precisa, presupongo que en los menus tienes desactivado todo referente a las baterias y seria bueno medir la tensión de tu casa en hora punta y en hora floja. al mediodia y por la noche antes de dormir.
Por cierto, el trafo debe ser separador, aislación galvánica (1:1 como bien indicas), y una de las puntas referenciarlas a tierra (con pica) para marcar el neutro.
Otras opciones serian restablecer los valores de fabrica y configurarlo desde cero. Pero eso lleva su tema.