tengo dos cuadros eléctricos, el de "casa" con varios diferenciales y el que está en "sala de máquinas" donde está la Caldera, con varios diferenciales también. Conecto A en L, B en L1, y al conectar el neutro en N, salta un diferencial del cuadro de "casa". Rearmo el diferencial del cuadro "casa" y entonces me salta el diferencial del cuadro "sala de máquinas".

bueno, ahi esta el problema, estas cogiendo la fase de un diferencial y el neutro de otro diferencial. Tendras que lo calizar neutro y fase del mismo diferencial.
Presumiblemente, la fase sera del cuadro de "sala de maquinas". Deberas localizar esa fase en las cajas de registro y ver su camino.
No se como estas de distancias a los diferentes cuadros y las cajas de registro y la caja del sonoff, igual te compensa tirar linea-neutro del cuadro mas cercano y con el sonoff cerrar la fase de la caldera con un contactor ó tirar un neutro desde la "sala de calderas".
Es valorar todas las opciones, sin verlo no te sabria decir.